根据高新认定管理办法要求，科技部、财政部以及税务总局会建立随机抽查以及重点检查的机制，对各地的高新开展监督检查工作。企业不仅要重视认定前期准备，更应当注重后期的资格维持，特别是三年后要再次认定高新技术企业的公司，需处理好以下事项：
一、留存企业备查主要材料
（1）知识产权证书及可运行的软件；
（2）科技成果转化证明材料；
（3）研发活动证明材料；
（4）研发费用明细账及相关凭证；
（5）高新收入证明材料；
（6）科技人员的相关证明材料；
（7）产学研合作证明材料；
（8）检查部门要求的其他资料。
二、开展新的研发项目
技术部门要做好研发项目管理工作，建议每年研发立项5项以上，同时要填写研发项目立项报告、检验检测记录和结项报告，项目名称和技术内容可结合当年新申请的专利情况填写，并明确研发项目起止时间。
同时要做好科技成果转化的工作，科技成果是企业研发产生的具有实用价值的成果，可以分成主成果和副成果，主成果一般有硬件、软件以及工艺、方法、服务等；副成果一般有标准、专利以及论文和图纸等。
科技转化成果是认定高新技术企业的一项高分项，企业如果后续有复审的要求，需要做好这一项工作。
三、整理和存档与研发相关的文件资料
从2020年开始，企业高新认定提供的研发证明文件只有框架无实务性的证明，评分将会降低。企业要在日常研发过程中对管理制度的执行、奖励政策的体现有明确的规范，需及时留存以下资料：
1、企业组织员工培训、外出学习交流、聘请技术专家进行技术指导等活动应保留现场照片、签到表等证明材料；
2、企业给技术部发放的技术创新奖励等要留有记录；产品销售后进行客户满意度调查，保留材料存档。
3、及时整理技术创新活动中形成的材料，如可以证明成果的材料，包括知识产权证书、许可使用合同和生产批文、产品质量检验报告；可以验证过程的材料，如省级以上的科技计划立项通知、委托科研协议或者行业专家对研发工作的评价会议意见等。
高新企业税收优惠有效期为三年，企业期满后重新认定高新技术企业及后续面临检查要做好充分准备。
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