一、知识产权与研发活动的一致性
在申报高新技术企业过程中，存在最多的问题是企业现有的知识产权如何与近三年研发活动建立关联关系。
知识产权与研发活动的一致性问题，反映的是企业在研发活动管理中缺乏对知识产权与研发目标的整体规划能力。
虽然在申请高新技术企业过程中，企业可以使用三年以前所取得的知识产权，但是对研发活动的要求却一定是近三年之内所发生的。在这种情况下，如果企业缺乏系统性的研发计划安排与知识产权管理，知识产权与研发活动的关联度就会降低，甚至影响到对近三年研发活动绩效的评价。可能导致在高新技术企业申报认定评审过程中，专家给出该企业研发活动关联度不高或者研发成果不明显，进而给企业打低分。
二、研发组织管理
在现实管理中，虽然很多企业已经建立了相应的研发组织，并有相对健全完善的管理制度，但在日常的研发项目组织管理中，仍存在许多管理粗放的特点。主要表现在以下两大方面:
一是研发项目立项管理不规范。大多数企业都存在错误的认识——“自主研发项目是企业自己投资，为了提高研发项目的实施效率，企业会在制度制定方面进行删减，造成研发组织管理中的一项重大漏洞。
二是在研发费用管理上存在诸多随意性行为。其中最突出的问题是，很多企业存在研发支出辅助账缺失的情况。
针对这一问题，企业通常对研发费用支出采取“事后一次性归集”。这种“临时抱佛脚”的管理方式虽然可以弥补申请高新技术企业的一些不足，但对企业研发组织管理水平的提升与研发费用规范化管理并无任何改善作用，还会让评审专家起疑，进而降低企业的高新评分。
三、研发经费归集
很多企业在进行年度汇算清缴时才发现，自己所归集的研发费用真正符合研发支出要求的并不多。
例如，很多企业在研发活动中所产生的委外加工费用只能按照费用总额的80%计入当期研发费用;有的企业虽然接受了委外方所提供的产品设计或系统测试服务，但因为所开具的发票内容是“技术服务费”，从而对研发费用的认定产生了不确定性;还有的企业把研发人员的工资薪金全部计入研发费用，却缺乏合理的分配依据，导致不符合高新企业申报标准。
这些研发费用归集中存在的问题，常使很多企业无法享受到加计扣除政策的足额税收优惠，给企业造成较大损失。
由此可见，对于细枝末节的问题，企业不解决是很难通过评审专家这一关。申请高新技术企业的要求一年比一年高，审查机制也越发严格，企业如果要确保申报成功率，必须提前做好高新技术企业申报认定规划，前期准备越充分，申报成功率越高。
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