专精特新申报中对于研发机构包括合作高等院校、科研机构名称的要求更加严格，必须要有建立实验室、研究院、院士或博后工作站之类的合作研发机构才可加分。
其中，制造类企业必须建立市级以上研发机构，双方共建的研发机构必须获得政府部门的认定或授牌。
研发机构是指企业从事自然科学及相关领域研究开发和实验发展（包括为开发活动服务进行中间试验的机构组织），或从事企业内部的技术开发、产品开发、工艺开发和有关技术服务的机构。如企业技术中心、工程研究中心、工业设计中心等。
研发机构级别分为国家级、省级、市级还有自建的一些研发组织。
企业申请专精特新资质前，需要依照要求认定相关研发机构，
评审专家会根据企业认定的研发机构资质给予以下对应分数：
A、国家级可得10分
B、省级可得8分
C、市级可得4分
D、市级以下可得2分
E、未建立研发机构不得分
如果企业要认定资质，可先依据要求进行自评在进行申报。
另外企业已经建设了研发机构，还需要按照专精特新申报政策对研发费用投入进行调配。
按照要求，企业在申报专精特新时，需要保证上一年发费用总额不低于100万元，且占营业收入总额比重不低于3%。具体的研发费用投入占比如下：
1、研发费用总额达到500万元以上或费用占营收总额比重在10%以上（10分）
2、达到400-500万元或费用总额占营收总额比重在8%-10%（8分）
3、达到300-400万元或费用总额占营收总额比重在6%-8%（6分）
4、达到200-300万元或费用总额占营收总额比重在4%-6%（4分）
5、达到100-200万元或费用总额占营收总额比重在3%-4%（2分）
6、不属于以上情况（0分）
企业需要在研发项目立项时设置研发支出辅助账，核算各研发项目的各支出费用，以此作为研发费用专项审计依据,并以备日后核查，具体归集办法如下：
1、明确研发费用归集边界,制定公用共用费用分摊依据原则,准确归集各项目的研发费用，特别是研发人员的工资、研发仪器设备、场地、水电暖等共用公用费用的归集和个项目之间的准确分摊；
2、规范研发费用归集对象主体以及产生的相应流程，研发费用发生的核心主体为研发部门，费用发生应经由研发部门，部分企业归集的研发用材料如果直接领用到生产一线，投入到产品生产过程中，这些投入是否属研发投入应进行严格鉴别；
3、以专精特新申报政策为标准，以规范的研发费用专项审计契机,研发部门和财务部门共同完善企业研发费用归集边界、分摊依据、归集证据文件、归集结果四位一体的研发费用核算体系。
除了研发费用，企业还需要同步整理研发人员占比，认定专精特新申报标准中对企业上年度研发人员占比要求如下：
A、达20%以上（5分）
B、达10%-20%（3分）
C、达5%-10%（1分）
D、达5%以下（0分）
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