研发费用加计扣除政策中有一项难点，即企业取得研发过程中形成的下脚料、残次品、中间试制品等特殊收入，在计算当年可加计扣除的研发费用时，应从已归集研发费用中进行扣减不足扣减的，扣除的研发费用按零计算。那该怎么理解这一项呢？
要理解这一项，我们需要与研发费用第二项结合起来一起理解，高新认定研发费用中第二项"直接投入费用"中这样规定"：企业研发活动直接形成产品或作为组成部分形成的产品对外销售的，对应的材料费用不得享受研发加计扣除。
也就是说研发活动直接形成产品对外销售，对应的材料费用就属于销售成本，不再属于研发支出，因此不允许享受高新认定研发费用加计扣除。
但是如果材料费用支出年度和形成收入年度不在同一年，且不允许加计扣除的材料费用已经在发生年度内进行了加计扣除，就要在形成收入的年度将之调减，调减的金额直接按当时所发生的对应材料费用金额计算。
但是如果并非直接形成产品对外销售而确认收入，仅仅是一些下脚料、残次品或者中间试制品的特殊收入，没有与之对应的材料费用或与之对应的材料费用仍然是为了整体研发活动而消耗掉，仅仅出现了类似"残值收入"，需要以这些收入冲减收入当年的研发支出即可，不足冲减的当年研发支出按零计算，也不存在跨期结转问题。
一般扣减特殊收入有两种方法：
第一种：发生并确认特殊收入的同时冲减相应研发费用中的研发领料，利润表中收入增加的同时等额降低了研发费用，且在汇算清缴时无需填报此项；
第二种：发生特殊收入时只确认收入，不冲减研发费用，在填报高新认定研发费用加计扣除优惠明细表时填报减除项，因为确认特殊收入时同时申报了增值税，所以正常填报没有任何税收风险。
企业最好根据自身情况来权衡适用哪种方法。对于申请高新的企业来说，研发费用的计提比例也是衡量是否符合高新技术科技企业资格的一个重要标准，如果企业发生的研发费用在冲减后还能符合高企标准，那两种方法均可选择。但相对于一些销售额比较大的企业来说，研发费用的计提虽然数额较大但比例会比较低，如果在确认特殊收入的同时冲减研发费用有可能会造成研发费用比例低于高企标准，会产生取消高企资格的风险。
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