国家高新技术企业认证通过了并不意味着就能安枕无忧，相关部门还会对部分地区的高新企业进行抽查，如果抽查过程中，发现企业有不合规的地方，相关部门会对企业采取相关的处理措施！
一、审计报告有问题
在抽查过程中，认定部门如果发现企业提交的认定审计报告存在以下这些问题，认定部门将不予采用：
1、没有到地区的注册会计师协会或税务师协会备案；
2、报告没有带防伪标识；
3、两项报告的盖章或签名不完整等。
二、享受税收优惠流程不合规
在高新企业在享受优惠过程中，如果企业未按照高新企业的标准要求提供需要备查的材料，或者提供的备查资料里所记载的实际生产情况、财务汇算情况以及相关高新技术领域还有资质证书等不符，无法证实其符合高新优惠政策条件的，税务机关会按照税收征管办法、认定办法等相关规定追缴税款。
三、存在高新技术企业认定办法不允许的行为
抽查过程中企业如果出现了下列行为，认定机构将会取消其已获得的高新企业资格：
1、企业在认定的流程中，存在这严重的弄虚作假行为；
2、申报前一年，企业发生了严重的安全或者质量事故、严重环境违法行为；
3、申报成功后，企业没有按照规定，按期提交报告或者累计两年未填报年度情况报表。
只要出现以上一种情形，企业即使已经拿到高新证书，认定部门也会取消企业的高新资质，所以为了避免出现最坏的情况，已经拿到国家高新技术企业认证的企业，一定要提前做好这些准备：
1、实践中企业一定要注重材料整理以及保管等工作，比如，
（1）研发项目过程中产生的各类、劳动合同、派工单、项目组、工时记录等详细记录。
（2）将科技人员的劳动合同、考勤表以及工资明细表、个税申报表等相关数据进行核对检查，并留存保管，以更好地证明科技人员占比符合条件规定。
2、对之前提交的申请资料进行自查
把企业最近一次申请高新资格提交的资料找出来，安排公司的研发、财务、人事等部门联合“会诊”（必要时可寻求专业的机构，达晟信息可提供支持），对资料中涉及本部门的内容进行认真核实。对材料中可能存在的疑问，提前做好预案，以备不时之需。
3、对至少近三年享受高新优惠的留存备查资料进行检查
按照高新技术企业认定办法规定，依据高新技术企业所得税优惠政策有关问题的公告，及企业所得税优惠政策要求，在享受高新税收优惠的同时，还要记得每年在汇算清缴结束时，准备并妥善保管（至少保管10年）以上资料留存备查。
所谓防患于未然，企业如果因为一些失误就将高新证书“还”回去，那可是得不偿失的，所以在认定通过后，务必按照高新企业的标准开展相关活动。
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