出具高新技术企业专项审计报告时，机构会将申报企业申报前一个会计年度执行的会计准则或会计制度，作为近三年的会计准则或会计制度予以披露。
同时，在研发投入明细表或高新收入明细表的编制说明中会增加相应的说明，具体说明近三年内公司分别执行的会计制度情况。
无论是研发费用投入核算，还是高新技术产品(服务)核算，在高新技术企业认定审计中都涉及到对高新技术领域的识别。注册会计师不是高新技术领域的专家，《专项审计指引》为此做了如下规定：
1、申报企业需要负责划出研发项目、高新技术产品(服务)具体范围。
2、企业的技术负责人以及法定代表人、财务负责人需要一起共同《管理当局声明书》。同时规定，制定总体审计策略时，应当清楚地说明向具体审计领域调配的资源，包括就复杂的研究开发项目技术问题利用专家的工作。
一般而言，如果企业本身制度完善，财务健全，审计人员可以很快就帮助企业出具相关的报告，但实际操作中，审计人员会陷入以下“两难”境地：
1、收入“难”认定
这种情况一般存在于初次进行国家高新技术企业认证的企业中，由于第一次接触高新，很多公司在内部账务设置都很不规范。不是没有设置收入明细账，就是账册与高新要求的不匹配或者截然相反，种种因素就加大了审计人员判定企业高新技术产品或服务是否匹配的难度，最终提高了企业高新收入确认的风险。
2、费用核算方法“难”统一
有的企业在核算自身研究开发费用的过程中，会受主观因素的影响很难做到客观化，而审计人员受客观条件的限制，很难确定企业的高新技术是处于研究阶段还是开发阶段，就会导致最后很难确定企业资本化标准及研发费用资本化后摊销期限。
特别是对其他费用这一板块的内容，如果企业汇总的其他费用没有按照国家高新技术企业认证要求进行归类，审计人员得重新归类，然后帮企业进行费用核算。
（一）是否与该研发项目研究开发活动直接相关；
（二）是否符合高新工作指引规定的范围；
（三）若属于相关研发项目共担费用，分摊方法是否合理；
（四）入账依据证明资料是否合规且充分恰当；
（五）企业列入的“其他费用”总额，是否超过研发总费用的20%。
因为这两大难点，出具高新技术企业专项审计过程中，审计人员如果发现企业的数据异常，就得重新进行核对，不仅延长了审核时间，还会造成报告的出错风险，所以企业在要求机构出具报告前，一定要仔细检查和整理财务材料。
另外税务部门会重点审核出具报告的中介机构资质，如成立时间是否已满三年、全年月在职的平均人数是否符合20人等，对不符合条件的，认定部门会直接否决企业的审计报告，因此企业在出具报告前，一定要了解高新技术企业认定审计要求，做好充分的准备再出具报告。
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