要享受研发费用加计扣除，前提之一就是企业先做好研发费用的会计核算，然后税法在会计的基础上，进行重新认定。在实际工作中大多数企业会出现以下研发费用管理的问题。
一、材料核算方面
会出现研发领料无流程管控，通过事后补充单据(领料单上的签字存在代签字)，研发领料无具体对应项目。
二、工时计算方面
没有制定研发工时管理系统，或者研发工时管理混乱，存在“研发人员在月中离职后，当月剩余日期仍在考勤表中全勤记录了工时”，“部分研发人员未于立项文件中列示，但出现在相应项目的研发工时考勤表中”等问题。
三、管理统计方面
会出现研发活动事前和事中并无管控，存在“通过研发人员回忆、邮件往来、立项等过程文件回溯的方式能否准确归集研发人员薪酬”，靠着追溯的方式来调整研发费用。
要知道研发费用涉及的内容非常多，只是以上三大问题，就会导致费用分摊混乱，资料证明不充分，从而达不到研发费用加计扣除比例要求以及高新技术企业研发费用扣除标准。
如果每一项费用都出现不严谨的情况，那最终的核算结果也得不到评审专员的认可。
所以经验告诉我们企业在归集费用时需要提前做好研发活动的日常管理，要分别从制度、流程、表单等方面做好管控，以便财务人员可以很好地归集和分摊相关的数据。
有的企业会试图通过购置企业研发管理系统，来理顺研发活动中存在的问题，以便会计核算和税务上加计扣除。但是这样的操作会导致系统没法完全匹配上企业的管理制度，出现一个企业同时可能上线十几二十甚至更多的研发项目，一个研发人员可能同时在数个研发项目上工作。
因此要做好研发费用会计核算工作，必须要求公司站在整体视角，协同各个部门，加强研发事前还有事中管控，才能将税务的风险尽可能降低，且不能完全将工作完全交给第三方机构，第三方机构手头所掌握的只是公司局部的信息，要将局部信息都整理得条理分明还需要企业的配合，这样整理出来的费用明细才会符合高新技术企业加计扣除标准，因此企业一定要参与其中。
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