由于借鉴了“千人计划”、国家自然科学基金项目等评审的成功经验，国家高层次人才特殊支持计划的遴选机制也确定好最终的方向。
在国家高层次人才特殊支持计划的相关遴选程序上，实行了初评以及复评两级的评选环节。初评的环节会让各相关工程牵头部门设立好评选的平台，然后采取部门推荐方式或者专家联名推荐方式，面向各行各业来开展相关的人才申报工作。复评环节则是交给各领域高级专家和有关部门接手，由他们对比选出最终的名单。
在国家高层次人才特殊支持计划遴选标准上，重点的遴选关键是要考察入选的人才本身具备的能力以及实绩和品行，因此不是简单以职称、论文取人。在这个能力方面会主要地考查包括人才的一些创新科研能力水平；已经取得的科研成果和成就；另外也会讲品行考察方面，科技和人文的精神将会作为重点内容入选考察内容。遴选的工作会按照同行评议的原则进行评价和评选。
国家高层次人才特殊支持计划这项计划的开展是要对国内的各种层级的高层次人才提供对应且重点的支持，目的是培育出更高“含金量”的人才。对于那些入选的对象，不仅能获得有关部门的一定支持，国家还会再从荣誉称号、经费支持、政策支持以及纳入中央联系的高级专家范围四个方面给予重点的鼓励和资助。
一、荣誉支持。所谓荣誉就是中央组织部合人力资源社会保障部会为“国家特支计划”的杰出人才和领军人才授予“国家特殊支持人才”的称号，然颁发相关的入选证书。
二、经费支持。也就是会为杰出人才、科技创新领军人才、哲学社会科学领军人才、百千万工程领军人才、教学名师等人才提供每人不超过100万元金额的特殊支持经费。
“国家特支计划”为入选者提供直接用于个人且力度较大的经费支持，与“千人计划”平衡。“千人计划”的一次性补助主要用于引进人才的落户生活支出，在国家高层次人才特殊支持计划中所设置的特殊支持经费这一项，主要是给予更多的资金让人才能继续开展研究以及进行人才和团队建设等方面。
三、政策支持。各有关部门在科研管理、事业平台、人事制度和奖励保障等方面制定具体支持政策，鼓励有关部门参照“千人计划”有关政策规定，结合国内的人才实际情况为“国家特支计划”制定落实工作条件、生活待遇等方面的特殊政策。
四、联系服务。所谓联系就是入选国家高层次人才特殊支持计划的杰出人才和领军人才一起被纳入中央联系的高级专家范围内。
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