有些企业认定高新，虽然满足了高新企业申请条件，但是存在以下这些问题：
一、知识产权数量不够问题
如果是数量方面的问题，企业可通过以下办法解决：
（一）根据专利申请周期，自主申请知识产权
1、高新技术企业认定申请当年，企业所申请或通过转让获得的专利、知识产权将不予计分，如果企业所有的知识产权获证时间都集中于一时间段，相关部门将会质疑企业是临时包装的，会导致相关的知识产权不被认可或分数极低。
2、另外企业系统填报的软件著作权，现场考察时会要求企业进行演示操作，且所演示的功能要与系统提交的功能是保持一致的，且演示的人员必须是参与本次项目的研发人员。部分地区还会让人员对软件的源码进行修改，及功能确认。
（二）通过转让等方式获取知识产权
如果企业的自主研发水平不是特别强，获得的知识产权都集中于II类知识产权（比如实用新型专利、软件著作权)。建议通过受让、受赠和并购等方式获得I类知识产权(比如发明专利)，这样，企业高新认定时，既可以因为拥有l类知识产权，在知识产权数量取得A档分数;还可以凭借自主申请的II类知识产权+受让、受赠和并购获得的l类知识产权"组合形式，在知识产权获得方式取得A档分数。
二、研发费用归集不清晰问题
工作指引中明确，企业的研究开发费用占比是以单个研发活动为基本单位分别进行测度并加总计算的。企业应设置专门的研发费用辅助核算账目，对每个研发项目所产生的费用进行费用化或资产化归集处理，并附上相关的凭证及明细表，按认定工作指引的要求进行核算。
申报企业本身应当具备完善的财务内部控制制度，要严格按照企业会计准则或相关财务制度的规定，把企业的研发费用和生产投入成本分开核算。
研发费用不得从生产成本中剥离，需关注以下几点：
1、保持研发费用真实、归集合理的研发费用；不能核算不清，且辅助账要完整；
2、研发费中研发人员年均费用要高于一般人员水平，直接投入占总的费用总额比例不可过高，不同的研发项目支出的金额、结构也要不同；
3、研发费用中的直接投入费用需要将燃料费和动力费一起加入核算。
4、研发费用的六大项目比例中，工资占比不可严重偏高。
5、清楚高新认定研发费用范围和加计扣除费用范围，一般高企认定的研发费用范围大于研发费加计扣除的范围。比如经营租赁费加计扣除的范围只限于用于研发的仪器、设备租赁费而没有厂房租赁费，但高新归集时可以将厂房租赁费计入。
高新研发费用范围里包括装备调试费用，田间实施费，而加计扣除里不包括；高新研发费用包括通讯费，加计扣除也不包括；高新申报要求其他相关费用不得超过总研发费用的20%，而加计扣除规定不得超过10%；
高新认定的研发费用口径不包括职工福利费，补充养老和补充医疗保险这三项费用，而研发费用加计扣除可以。
6、结合高企申报实务，企业还需要保证近三年内的研发费用在财务报表，所得税申报表和研发费用专项审计报告中数据是一致的，如有差异需附上解释说明。
企业的研发核算管理制度实施须做好，如果出现前两年的年度审计报告和纳税申报表的研发费用一致，却与专项审计报告有较大差异的情况，应当在高新认定专项审计报告中进行说明。
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