企业开展研发费用加计扣除专项审计的时间，应尽可能早于其开展财务报表审计、办理企业所得税汇算清缴的时间，以确保研发费用列示“三表”一致，在确定费用时，以下三项费用需要格外注意：
一、人员人工费用归集
国家高新技术企业认定标准有规定，企业科技人员应满足累计实际工作时间在183天以上。
但是部分行业的人员由于流动性较大，企业无法在立项之初、研发费用核算之初，就预知科技人员能否最终满足“183天”这一工作时间要求，仅能按照研发工作的实际情况，将研发人员工资费用归集到相应的研发项目中，然后在出具研发费用加计扣除专项审计，或享受研发费用加计扣除税收优惠时，将不符合条件的部分人员工资费用予以剔除。
这就导致了后面企业的纳税申报表、专项审计报告与会计账目中所列示的研发费用金额不一致，给企业申请高新技术企业资格带来阻碍。
企业最好在整理资料的过程中，调取人员签订的《劳动合同》，查看合同中约定员工从事的岗位、工作内容、薪酬、保险等条款是否真实、准确。
对于外聘人员的劳务费，应当通过与派遣公司签订的《劳务派遣合同》，根据约定的人员人数、工作内容、派遣公司提交的社保缴纳清单、支付劳务费用的回款记录等相关信息，查实外聘人员劳务费的真实性。
除此之外，企业还可从列示的研发人员名单中，随机抽取人员进行约谈，询问主要从事工作内容是否与研发相关，辅助查实企业研发人员的真实性。
二、共用费用归集
企业要根据高新技术企业申请条件，建立完善的核算制度，并提供完备的备查资料。对同一研发人员在不同项目间进行工时分配，或辅助、技术人员同时参与其他工作，需要进行工时分配的，应由技术部门按月制作工时统计审批单，提交至人力部门，按照工时分配比例，分项目归集人工费用，并将各项目人工费用按月提交至财务部门入账。财务部门应当设立“研发支出—人员工资（社保/公积金）—项目（名称或编号）”科目，按项目归集研发费用。
对于制造业、生产型企业等高耗材企业，企业应当编制《研发领料单》，研发部门在领用材料时即填写清楚领用数量、所支持项目名称等信息，按项目归集。若领料时无法确认具体项目归属的，财务部门可在结账日前，将相应的研发领用原材料明细导出，发至科技部门进行确认，并根据科技部门留存的研发领料单，确认原材料所归属项目，按项目入账。
三、预算与实际投入的研发费用设置
企业研发预决算制度制定随意，缺乏财务、科技、人力、生产相关部门的协同配合，将导致企业不能全面、充分地应对外部环境给企业经营带来的影响，容易达不到高新技术企业申请条件。
建议企业完善预算、决算和立项等相关制度，既要关注研发费用占据销售费用比例，还要综合考量可能导致这一比例出现上升或下降的因素。
计划2023年申请高新的企业应从现在起，根据国家高新技术企业认定标准开始对以往研发立项规划进行审核，尤其是研发人员，人工费、材料费等研发支出科目所投入的预算，应由财务部、人力部和科技部协同进行，制定完善的预算制度。
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